Обучение в духовной семинарии и академии не было легким, но прилежание и желание позволило будущему епископу закончить образование блестяще. Знания в литургике, агиологии и церковной гимнологии позволили Сергию обрести прекрасных духовных учителей в лице архиепископа Владимирского Николая и епископ Феодора. После пострига став Афанасием, он стал во Владимирской гимназии преподавателем и самым убежденным проповедником слова Божьего.
Во время революции в России иеромонаху Афанасию приходилось давать отпор людям, желавшим раскачать вековые устоя православия. Революция стала кровавым испытанием для духовенства и простых христиан в России, а для новой власти издевательство над мощами святых угодников стало главным. Иеромонах Афанасия возглавил Владимирское духовенство для защиты святынь. Став епископом Ковровским, владыка Афанасий всячески боролся против раскола внутри Церкви – «обновленчества». Своим противостоянием против предательства Церкви Христовой он стал неудобен новой власти. Арест, тюрьмы и ссылки владыки Афанасия были изнурительными, но на протяжении почти 30 лет мытарств он не оставлял своего главного предназначения – нести слово Божье людям. Молитву и духовную помощь, сильную и живую, давал владыка Афанасий всем православным, которых он встречал на своем пути.