Святой Арсений родился в Великом Новгороде. В свое время он занимался ковкой из меди. Монашество под именем Арсений принял в 1373 году в Новгородском Лисицком монастыре.
На протяжении 11 лет молодой инок прожил в монастыре, где прошел различные послушания. Преподобный Арсений стремился к более высоким духовным подвигам и ушел из монастыря на Гору Афон. Три года Арсений пробыл в одном из афонских монастырей. Он занимался изготовлением медной посуды и много времени проводил в молитве. Когда преподобный Арсений возвращался на родину, игумен благословил его иконой, которая стала называться Коневской. Дальше инок отправился в Валаам для совершения подвига. В молитвах Арсений просил Господа указать ему место для построения новой обители.
Однажды, когда инок находился в море, поднялась буря, и его выбросило на берег острова Коневец, расположенный Ладожском озере. Арсений здесь установил Крест по промыслу Божию и в 1393 году построил часовню. В 1398 году после пятилетнего подвига Арсений по благословению архиепископа, Иоанна поставил монастырь в честь Рождества Пресвятой Богородицы.
В 1416-1421 годах при архиепископе Симеоне преподобный Арсений посетил вновь святую Гору Афон, там он испросил благословения для нового храма. Братия монастыря оставшиеся без игумена и без всяких припасов пищи, хотели разойтись, но о них молился старец Иоанн, живший на вершине острова. Ему явилась Матерь Божия во сне и сказала, что скоро придет Арсений и доставит им продовольствие. И на самом деле преподобный Арсений вскоре вернулся со всем необходимым для дальнейшего существования. В 1461 году Ладожское озеро разлилось и поэтому жителям монастыря пришлось выбрать новое место на острове. Новгородские архиереи всячески помогали инокам храма.
В 1446 году святую обитель посетил преподобный Евфимий и подарил Арсению свой клобук. В 1447 году святой Арсений отошел к Господу, и братия погребли его тело в храме монастыря.
Преподобный Арсений считается покровителем моряков. Однажды святой Арсений спас рыбаков и старца Моисея от гибели в шторм. Моряки молились Господу о спасении, и им явился святой Арсений и осенил их мантией, после чего лодку благополучно прибило к берегу.
Жизнь преподобного Арсения была описана Коневским игуменом Варлаамом в XVI веке. В 1850 году было создано и издано похвальное слово и служба святому Арсению.