Вскоре становится настоятелем Оптиной пустыни и усердно работает для процветания обители. Именно при преподобном Моисее Оптина пустынь расцвела, стала духовным центром России и благоустроенной обителью, в которой были огромные библиотеки, издательство книг, а также монастырские земли, с любовью и трудом обработанные братьями-иноками. В Оптиной пустыни Моисей зародил старчество, а старцы обители стали известны на всю Россию: Лев, Макарий и Амвросий.
Весь день преподобный был занят молитвами, заботами о своих братьях, о большом хозяйстве пустыни, о странниках-монахах и мирских людях. Такая любовь к Оптиной пустыне и верный хозяйский глаз стали для всех благодатью Божьей, потому как расцвела и прославилась обитель именно при преподобном Моисее. Пострижение Моисея в схиму случилось уже в конце жизни, почти перед кончиной. На сей обряд съехалось много почитателей и преподобного Моисея, и самой Оптиной пустыни, всем уделил он внимание и всех благословил. Много чудес прозорливости преподобного Моисея случалось при жизни его, а много было и после кончины. Всю свою праведную жизнь был скромным и снисходительным к людским погрешностям. Для него главной была неустанная работа в обители, поэтому проведя жизнь в Боге и в бесконечных заботах о братьях своих, преподобный Моисей стал настоящим старцем – духовным настоятелем. В сорок три года преподобный Моисей принял заботу об Оптиной пустыни и почти тридцать семь лет возглавлял ее.